Der er to kilder til molybdæn i miljøet

(1) Forvitring frigiver molybdæn fra sten. Det anslås, at 1,000 ton af det kommer ind i vandområder og jorder hvert år og vandrer gennem miljøet. Ujævn fordeling af molybdæn forårsager "jord- og vandsygdomme" i nogle områder på grund af mangel på molybdæn, og "gigtsygdomme" (f.eks. Armenien) i nogle områder på grund af højt indhold af molybdæn.
(ii) Den bredere anvendelse af molybdæn i menneskelige aktiviteter og afbrænding af molybdænholdige fossile brændstoffer (f.eks. kul) har øget mængden af ​​molybdæn, der cirkulerer i miljøet. Verdensomspændende produktion af molybdæn er 100,000 tons om året, og 800 tons molybdæn forbrændes og frigives til miljøet hvert år. Mængden af ​​molybdæn, der tilføres kredsløbet af menneskelige aktiviteter, overstiger den naturlige cyklus. De industrier, der bruger molybdæn mest, er metallurgi, elektronik, missiler og rumfart, atomenergi, kemi og landbrug. Molybdænforurening er ikke blevet undersøgt nok.

Transporten af ​​molybdæn i miljøet er relateret til de oxiderende og reducerende forhold, surhedsgrad og alkalinitet i miljøet og påvirkning af andre medier. Jo mere oxiderende og basisk vand og jord er, jo lettere er det for molybdæn at danne MoO-ioner; planter kan optage molybdæn i denne tilstand. Surhedsgraden i miljøet øges eller reducerbarheden øges, molybdæn omdannes let til komplekse ioner og danner til sidst MoO; denne tilstand af molybdæn fikseres let af ler- og jordkolloider og humussyre og bliver inaktiv og kan ikke optages af planter. I havet forårsager det reducerende miljø i dybhavet, at molybdæn adsorberes af organiske stoffer og derefter pakkes ind i kolloider, der indeholder mangan, og til sidst danner knuder, der synker til bunden af ​​havet og fjernes fra biosfærens kredsløb.
Molybdæn har en lav indvirkning på varmblodede dyr og fisk. Høje niveauer af molybdæn har en negativ indvirkning på planter, test viser, at: molybdænkoncentration på 0.5 ~ 100 mg/liter, når væksten af ​​hør vil have forskellige grader af påvirkning; 10 ~ 20 mg / liter, når væksten af ​​sojabønner har en skadelig virkning; 25 ~ 35 mg / liter, når væksten af ​​bomuld er let skadelig; 40 mg / liter, når væksten af ​​sukkerroer har en skadelig effekt. Når koncentrationen af ​​molybdæn i vand når 5 mg/l, vil den biologiske selvrensning af vand blive hæmmet; når 10 mg/l, vil denne virkning blive hæmmet endnu mere, og vandet har en stærk astringerende smag; ved 100 mg/l bremses den mikrobielle vækst af vandmassen, og vandet har en bitter smag. Kina foreskriver, at den maksimalt tilladte koncentration af molybdæn i grundvandet er 0,5 mg/l, den maksimalt tilladte koncentration af opløseligt molybdæn i værkstedsluften er 4 mg/m3; og uopløseligt molybdæn er 6 mg/m3.